Trans-acting Determinants of Gene Expression: Effects of Transcription Factor Affinity, Abundance, and Localization
该研究通过系统分析转录因子亲和力、丰度及定位的突变，揭示了启动子结合位点强度是调控基因表达水平的首要因素，而转录因子亲和力变化主要被缓冲，并阐明了这些反式作用因子与顺式作用元件之间的协同作用及性能权衡机制。
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104 篇论文
系统生物学不再将生命视为孤立零件的堆砌，而是试图理解细胞内无数分子如何像交响乐般协同运作。这一领域通过整合海量数据，揭示基因、蛋白质与环境之间复杂的互动网络，让我们从整体视角去解读生命的奥秘，而非仅仅关注单一环节。
在 Gist.Science 上，我们持续追踪并处理来自 bioRxiv 的最新预印本，确保您能第一时间接触到这些前沿探索。每一篇入选的系统生物学论文，都经过我们团队的深度解读，提供通俗易懂的科普摘要与详尽的技术解析，让专业研究变得触手可及。
下方为您呈现该领域最新的预印本列表，带您走进从数据到生命图景的精彩旅程。
Multi-omic responses to acute exercise in abdominal subcutaneous adipose tissue of sedentary adults: findings from MoTrPAC
莫特拉帕克（MoTrPAC）研究通过多组学分析揭示了单次耐力或阻力运动在静息成年人腹部皮下脂肪组织中引发的时间分辨分子程序，阐明了包括血管生成、线粒体代谢及候选外泌体激素在内的脂肪特异性机制，从而解释了运动如何促进代谢健康。
Structured Schemas for LLM-Modeler Collaboration in Quantitative Systems Pharmacology Model Calibration
本文提出了 MAPLE 框架，通过引入分离数据提取与建模决策的结构化验证模式，实现了大语言模型与定量系统药理学（QSP）建模者的高效协作，从而在确保数据来源可追溯且无幻觉错误的前提下，显著提升了胰腺癌 QSP 模型校准数据的准确性与可重复性。
Network pharmacology-based discovery and experimental validation of novel drug repurposing candidates in Alzheimer's Disease
该研究通过整合多组学数据的网络药理学方法，结合计算筛选与实验验证，发现并确认了牛磺熊去氧胆酸（TUDCA）和二吲哚甲烷（arundine）作为阿尔茨海默病潜在老药新用候选药物，其机制涉及通过调节 G 蛋白信号通路改善疾病相关分子表型。
Toroidal Search Algorithm: A Topology-Inspired Metaheuristic with Applications to ODE Parameterization in Mathematical Oncology
本文提出了一种受环面拓扑启发的新型元启发式优化算法——环面搜索算法（TSA），该算法通过消除边界停滞问题并利用缠绕数自适应优化搜索策略，在基准测试及数学肿瘤学中的逆问题参数化应用中均展现出优于现有方法的鲁棒性与收敛性能。
TwinCell: Large Causal Cell Model for Reliable and Interpretable Therapeutic Target Prioritisation
本文提出了名为 TwinCell 的大型因果细胞模型，该模型利用体外扰动数据训练，通过多组学互作网络识别驱动细胞状态转变的上游调控因子，在无需疾病特异性监督的情况下实现了跨组织、跨疾病的可靠治疗靶点优先排序及机制可解释性，并显著优于现有基准方法。
Integrative Multi-omics Analysis of the Human Skeletal Muscle Response to Endurance or Resistance Exercise: Findings from the Molecular Transducers of Physical Activity Consortium (MoTrPAC)
该研究基于 MoTrPAC 项目，通过整合多组学分析揭示了人体骨骼肌对急性耐力与抗阻运动的分子响应具有独特的时序特征，其中染色质可及性、磷酸化蛋白质组和代谢组的早期变化先于转录组和蛋白质组，并共同调控了自噬、血管生成及代谢等关键通路。
A systemic circadian nicotinic acid riboside (NaR) signal engages the unfolded protein response and adipogenesis via the prefoldin complex
该研究揭示了由肝脏生物钟控制的循环代谢物烟酸核糖（NaR）通过靶向 prefoldin 复合物激活未折叠蛋白反应并调控 CEBPA 表达，从而以时间依赖的方式影响脂肪细胞分化及脂质沉积，阐明了系统性昼夜代谢信号塑造组织特异性生理功能的新机制。
Molecular Transducers of Physical Activity Consortium (MoTrPAC): Initial Insights into the Dynamic Human Responses to Exercise
该研究概述了运动分子传导物联盟（MoTrPAC）在COVID-19暂停前对206名健康久坐受试者进行的急性与慢性耐力及抗阻运动干预，证实了这两种运动模式能显著改善生理指标并成功采集了多种组织样本，从而为解析不同运动方式促进健康的分子机制奠定了框架。
Likelihood-Free Parameter Inference for Spatiotemporal Stochastic Biological Models using Neural Posterior Estimation
该研究提出了一种基于神经后验估计的无似然推断框架，成功克服了传统方法在复杂时空生物模型（如细胞迁移）参数校准中的局限性，能够从模拟数据中直接且准确地推断出包括细胞运动性、趋化性和增殖率在内的关键生物学参数。