Mapping regulatory networks underlying Leishmania stage differentiation reveals an essential role for protein degradation in parasite development
该研究通过五层整合系统分析揭示了利什曼原虫阶段分化主要由转录后机制（特别是 mRNA 周转、翻译调控及泛素 - 蛋白酶体介导的蛋白质降解）驱动，而非基因组适应，并证实蛋白酶体活性对寄生虫发育转换至关重要。
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systems biology
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Spatially Resolved Reaction-Diffusion Modeling Reveals Effects of Intracellular Spatial Heterogeneity on Yeast Galactose Network Dynamics
该研究通过构建整合实验数据的空间分辨反应 - 扩散模型，揭示了酵母细胞内染色体构型、内质网及核糖体分布等三维空间异质性会显著改变半乳糖代谢网络的动力学预测，从而论证了在真核细胞基因调控模型中纳入真实空间架构的重要性。
Agent-Based Model Replication of Global Treadmilling and Competition in the Actin Polymerization System
本文利用 NetLogo 平台构建了一个基于智能体的肌动蛋白聚合模型，成功在二维环境中复现了从单体池出发的聚合动力学过程，并揭示了肌动蛋白丝的全局踏车运动以及成核与延伸之间的竞争机制。
Multimodal gene embeddings for drug-target prediction and lineage reconstruction
本文提出了名为 NEWT 的多模态深度学习框架，通过整合功能注释、共表达、通路及相互作用等异构生物知识，在统一的表征空间中显著提升了药物 - 靶点预测精度，并有效重构了发育谱系与药理网络，从而为整合药基因组学与单细胞转录组分析奠定了可扩展的基础。
Integrating AI and causal genetics to prioritize therapeutic targets for aging and age-related diseases
该研究开发了一种整合大规模多组学数据的 AI 驱动框架，成功识别出 29 个高置信度及 16 个新发现的衰老相关治疗靶点，并通过孟德尔随机化等因果遗传学分析，证实了包括 IL6、IL6R 和 NLRP3 在内的多个靶点在衰老及多种年龄相关疾病中的因果作用，为药物老药新用提供了重要依据。